Undang-Undang No. 32 Tahun 2007 tentang pembentukan Kota Serang di Provinsi Banten menjadi titik balik perjuangan masyarakat Kota Serang dalam memperjuangkan nasib dan masa depannya kearah yang lebih baik. Sebelumnya masyarakat berjuang untuk memisahkan diri dari pemerintahan Kabupaten Serang sebagai langkah awal perjuangan kemandirian Kota Serang. Maka segera setelah undang-undang tersebut ditetapkan maka masyarakat Kota Serang masuk kepada babak Perjuangan baru yang lebih penting yakni mengisi kemandirian Kota Serang sebagai Daerah Otonom dengan segudang masalah, kendala, tantangan dan peluang yang dimiliki.
Dalam rangka itulah pemerintah pusat khususnya Kementerian Agama yang memiliki kewenangan dibidang penyelenggaraan urusan Agama, mengambil peranan sesuai porsi dan kewenangan yang dimiliki, dengan membentuk Kantor Kementerian Agama Kota Serang, menangani dan melayani permasalahan dan urusan agama masyarakat Kota Serang. Secara Yuridis Kementerian Agama Kota Serang telah berdiri sejak tanggal 19 November 2009, berdasarkan Peraturan Menteri Agama Nomor 37 Tahun 2009. Namun secara De-Facto Kementerian Agama Kota Serang baru berjalan sejak Awal Februari 2011 yakni setelah penetapan dan pelantikan Pgs. Kepala Kantor yang dijabat oleh Drs. H. A. Bazari, Syam, M. Pd, I, Subag. TU yang dijabat oleh Drs. H. Machdum Bachtiar, M. Pd, Kasi Pendidikan Islam yang dijabat oleh Drs, H. Munji, M. Si, Kasi Penyelenggara Haji dan Umrah yang dijabat oleh Drs. H. Saprudin, M.Pd, Kasi. Urusan dan Penerangan Agama Islam yang dijabat oleh Drs. Suhari, M. Pd dan Penyelenggara Zakat dan Wakaf yang dijabat oleh Dra. Hj. Rini Trihapurwani, M.Pd.
Pada awalnya Pgs. Kepala, Kasubag TU dan para Kasi serta 11 orang pelaksana Kantor Kementerian Agama Kota Serang antara lain : Hendra Yani, SH, Mokhamad Saekhu, S. Ag, Surya Abadi SE, Iis Sobariah, S. Sos, Ika Mulyaningsih, SH, Winarti, SE, Mutobiin, S. Kom, Sukamti, S. Ag, Nani Kristiani, S. Sos, dan Dian Perdana Gita SH, serta Sdr. Mahwud selaku bendahara, bersama-sama membuka kantor untuk pertama kali di Komplek PSBB MAN 2 Serang. Gedung tersebut merupakan milik MAN 2 Serang yang dipinjamkan untuk digunakan sebagai Kantor Kementerian Agama Kota Serang. Dalam kondisi darurat perlengkapan kantor menggunakan bahan dan perlengkapan pribadi para pegawai, dari mulai pembersihan, tata ruang serta rehabilitasi gedung termasuk meubeler dan perlengkapan elektronik bahkan kertas-kertas dan buku menggunakan perlengkapan pribadi.
Kondisi tersebut berjalan selama hampir satu bulan sampai perangkat organisasi dan administrasi pengelolaan anggaran dapat berjalan. Selanjutnya dengan efektifnya administrasi keuangan maka operasional dan pelayanan kantor mulai berjalan dengan lancar seiring jumlah personil pegawai yang semakin bertambah. Pada awal April 2011 Kementerian Agama Kota Serang resmi memiliki seorang Kepala Kantor definitive yang dijabat oleh Drs. H. Mahmudi, M. Si. yang sebelumnya menjabat Kasubbag TU Kantor Kementerian Agama Kota Cilegon. Sejak itulah perjalanan panjang Kantor Kementerian Agama Kota Serang yang berkantor di Jalan Ciwaru Raya No. 1A itu dimulai, perjalanan untuk mengemban tugas besar menuju cita-cita luhur "TERWUJUDNYA MASYARAKAT KOTA SERANG MADANI YANG BERIMAN, BERTAQWA, CERDAS, BERAKHLAK, RUKUN, DAMAI DAN SEJAHTERAā€¯.